للمركز هدفان رئيسان تتفرع عنهما أهداف تفصيلية. أما الهدفان الرئيسان فهما:

1.  المحافظة على الهوية الفلسطينية التي استهدفها المشروع الصهيوني منذ بداياته الأولى في أواخر القرن التاسع عشر، ومروراً بتشريد الفلسطينيين عام 1948 وبالاحتلال الإسرائيلي لبقية فلسطين عام 1967، واستمراراً حتى هذه اللحظة. وقد استهدف المشروع الصهيوني، وما زال يستهدف الهوية الفلسطينية بكل ما يشكل هذه الهوية من تفاصيل تتعلق بالإنسان والأرض والتراث والعقيدة والتاريخ والحاضر والمستقبل.

2. توثيق ودراسة المجتمع الفلسطيني وتراثه وثقافته للأغراض العلمية كالتعرف على مجالات القوة والضعف، والتخلف والتقدم، والأخطار وطرق الحماية، والأحداث الماضية والحاضرة، وسائر ما تهدف إليه العلوم الاجتماعية والإنسانية.
   ويخدم الهدفان مسألة تعميم رموز الثقافة الوطنية الفلسطينية على سائر التجمعات الفلسطينية في كل أنحاء العالم وبخاصة من خلال الصفحة الاليكترونية التي ستتيح لنا نشر الكثير من أعمال المركز.

 وأما الأهداف التفصيلية فمنها:

1.  الاهتمام بالتراث الشعبي الفلسطيني (الفولكلور) بالطرق التالية:

• جمع ما أمكن مما كتب أو صور أو سجل أو قيل عن الفولكلور الفلسطيني بكل اللغات، وإيداعه في مكتبة المركز (لجنة الأبحاث سابقاً)

• طبع ونشر الدراسات المتعلقة بالفولكلور الفلسطني.

• ترجمة ما كتب عن التراث الفلسطيني باللغات الأجنبية إلى اللغة العربية، ونشر الترجمات ودراستها.

•  العمل على تدريب فرق للعمل الميداني يقوم بمسح كافة أشكال التراث الشعبي من قول أو أداة أو طرق أداء أو معرفة أو معتقد وسواها.

•  إنشاء متحف للتراث الشعبي الفلسطيني وتطويره.

•  إصدار مجلة تعنى بالتراث الفلسطيني وتطويرها.

•  إنشاء فرق للغناء والدبكة والرقص وتشجيع إنشاء مثل هذه الفرق في كافة أنحاء البلاد.

•  الاتصال بالجهات المعنية بالتراث الفلسطيني والتعاون معها سواء من الأفراد أو المؤسسات المحلية والعربية والعالمية، والمشاركة في الندوات والمؤتمرات ذات العلاقة.
   

2.  الاهتمام بالتاريخ الشفوي الفلسطيني بالطرق التالية:

• تدريب فرق للعمل الميداني، لتقوم بعدها برصد وتدوين ما حدث وما يحدث من قبل الاحتلال الإسرائيلي تجاه الشعب الفلسطيني من عدوان مستمر منذ بداية المشروع الصهيوني وحتى اليوم. وهذه الموضوعات كثيرة وتحتاج إلى جهود مضنية وجادّة، ومن أمثلة ما بدأ العمل به: تدوين بعض الروايات عن الشهداء والمعتقلين، وقصص عن الاجتياح الإسرائيلي للمدن عام 2002، ، وتجارب حياة من بعض كبار السن، وسلوك جنود الاحتلال على الحواجز العسكرية، الاستيطان، ومصادرة الأراضي، وغيرها الكثير.

• القيام بدراسات حول المواضيع المذكورة وأمثالها.

• وضع المواد التي يتم جمعها تحت تصرف الباحثين وطلبة الجامعات.

• حفظ هذه القصص والمقابلات في أرشيف المركز للباحثين من الأجيال القادمة.

3. دراسة المجتمع الفلسطيني والثقافة الفلسطينية:
   وتشمل هذه الدراسات التي يسعى المركز إلى تنفيذها أو تنفيذ بعضها البنية الثقافية والاجتماعية في القرية والمخيم والمدينة، والتغيرات المتنوعة في نظم القيم والحياة الاجتماعية والتقليدية، ومشاكل الأطفال والشباب والأسر والعائلات، وغيرها الكثير.

4. دراسات عن الاحتلال الاسرائيلي، وفهم العقل السياسي الاسرائيلي، وأوضاع العرب داخل الخط الأخضر، والثابت والمتغير في العقل اليهودي والصهيوني الإسرائيلي، وغيرها.